肛門膿瘍與肛門瘻管其實是同一疾病，不同在於發炎的急性期及慢性期，肛門膿瘍與瘻管形成的原因最主要為肛門腺體發炎。每個人約有7~8個肛門腺，肛門腺有一個內開口，這些內開口有時會因為某些原因阻塞，使得肛門腺內的細菌大量增生而引起發炎化膿形成肛門膿瘍，膿瘍會穿過部份或全部的肛門括約肌並且順著抵抗力較差的組織面向上、向下或向側方蔓延，若自然破裂或經外科引流則漸漸成為慢性期，是為所謂的肛門瘻管。
肛門瘻管發生在男性較多，男女比例由2:1到7:1不等，發生之年齡可由出生到老年皆有，最常見於30~50歲之中年人。
肛門瘻管發生早期是以膿瘍形成為主，患者多主訴肛門疼痛，肛門旁紅腫熱等發炎症狀。若形成瘻管，則多主訴膿性分泌物及肛門旁結節。膿瘍有時會出現發燒、白血球增多甚至敗血症等等現象，厲害的可能會造成皮膚及皮下組織、甚至括約肌的大量壞死，最可怕的有所謂的福爾埃尼氏壞疽，多發生在老年人，而且很多患者合併有心血管疾病及糖尿病，這些患者多是因為肛門膿瘍沒有好好的治療，使得發炎擴散至會陰、陰囊、陰唇，甚至是腹部及下肢，造成這些部份的壞死，形成敗血症，死亡率相當高。
肛門膿瘍的治療:
- 抗生素：對於一般肛門膿瘍，很少須用到抗生素，除非病人合併有局部之蜂窩組織炎，Fournier’s gangrene，壞死性肌膜炎或高燒有敗血症現象時才用。
- 切開引流：這是肛門膿瘍最需要立即做的手術，在局部或半身麻醉之下，將膿瘍切開成8~10mm直徑大小之圓洞，使膿得以充分流出，同時視膿瘍大小，有時須做多處切開，但須注意至少有一處是在近肛門口處，也必須靠近其可能之內口處，以免將來形成之瘻管距離過長不好處理，對於Fournier’s gangrene或壞死性肌膜炎的病人，切開引流要做得更多，更徹底，同時每天還要密切評估，如果侵犯的範圍擴大，則切開引流範圍也要隨之擴大，否則因併發造成敗血症導致死亡之比率很高。
肛門瘻管的治療:
- 瘻管切開術：是將瘻管由外口沿管道向內口切開或剪開，瘻管之管壁不切除，傷口保持開放不縫合，其癒合是靠肉芽逐漸長滿長平，這種方法簡單且傷害性小，是最常使用之方法。
- 瘻管切除術：是將整條瘻管完全切除，即其後壁亦一併拿掉，可用於較淺之瘻管，如果瘻管較深，使用此法會損害過多之括約肌，有造成大便失禁或傷到尿道之危險。
肛門瘻管與膿瘍如果被正確的治療，通常是不復發。瘻管手術後，部份的患者會有再發的現象，可能原因為：
- 其他的肛門腺發炎。
- 特殊的細菌如結核菌、放腺菌引起的發炎，所以切除的組織應送病理檢查，若有特殊細菌，須配合對抗的藥物治療。
- 手術時沒有找到肛門腺的內開口
- 手術後沒有好好得追蹤，深部組織未癒合前表皮就癒合了，以致再造成瘻管。
- 有惡性腫瘤存在。長期的瘻管可能形成癌，這也是瘻管應該早期治療的原因之一。雖然這些原因可能造成瘻管再發，不過機會不會超過百分之五。
另外手術後肛門失禁的機會亦很小。
總之，有肛門紅、腫、熱、痛、肛門結節及膿性分泌物等症狀時，應該早期找一個可靠的專科醫師診療，一旦確定是肛門膿瘍或瘻管，唯有早期治療才是聰明的選擇。