一名四十多歲男子常常覺得喉嚨老是刺刺的，一直有異物感。這樣的情形經常在開會發言和高聲歌唱時，變得更嚴重。看了多家診所結果多是「喉嚨發炎」與「感冒」,一樣還是開消炎的藥物；過了一個多月，喉嚨依然覺得乾，但是症狀變成「隱約作痛」，換另一家大醫院作喉部的檢查，但是內視鏡、X光，頸部以上的斷層掃瞄，該檢驗的檢驗了，醫師還是判斷「慢性咽喉炎」開消炎藥服用。
幾個月過去，喉嚨乾痛的感覺依然沒有消除，改看中醫說是氣虛血瘀，除了中藥按時服用之外，還有針灸加紅外線與電氣的治療。喉嚨異物感及隱約作痛感覺卻反而更明顯了。患者再找耳鼻喉科看診，醫師聞到患者開口時有口臭, 檢查發現扁桃腺表面隱窩縫隙稍為明顯一些，雖無其它異狀，仍嘗試施以扁桃腺擠壓治療術。
以下為患者自訴：「 醫師持續壓我的扁桃腺，那種感覺有夠不舒服，眼淚都飆出來了！」突然嘴巴充滿一個怪味，然後有感覺一個物體掉在舌頭上，醫師用夾子拿出來一看，我看到一個約花生米大小的乳白偏黃褐色的東西，我嚇一跳問說那是什麼？醫生說：「那是扁桃腺結石」，結果接下來壓了另一邊也掉出一樣大小的結石，說是結石但卻也軟軟的，不過結構上很完整，也有彈性，但特徵就是很臭，就像是刮舌苔後又用手搓到乾的味道。頓時突然覺得喉嚨輕鬆了下來，比拔掉蛀牙還舒服！我感覺這就是我長期下來一直尋找的原因。醫師也說很多人也會有扁桃腺結石，但通常在扁桃腺表面都會自行掉下來或肉眼直視即可診斷並直接吸除，但像我這樣大顆埋在深處掉不出來，表面也看不到而一直卡在扁桃腺隱窩深處裡面發炎的病例也有增加的趨勢，所以他才會這樣判斷。
扁桃腺結石並不像腎結石為大家熟知，通常患者第一次聽到，都會有點驚訝，經過說明也就不難了解。顧名思義，扁桃腺結石就是在扁桃腺體上小凹槽(crypt)上的斑塊，可以很大，但大多數時候都很小且多發，位置上來說在扁桃腺組織內的機會較高，所以有時不容易被發現，也因為多數都不大，如果恰好在表面，就很容易隨著每天的分泌物排在口腔中，這時有些人就會覺得奇怪，為什麼常常會吐出臭臭的小碎物；扁桃腺結石好發在20-70歲之間的成人，小孩反而不常見，但即便是小於12歲的小孩，統計上仍有約2%的發生率，甚至曾有大型結石造成小兒吞嚥及呼吸困難的個案出現過，所以還是要當心。至於男女的發生率似乎沒有多大差別。
扁桃腺是一種淋巴組織表面凹凸不平，有許多小凹窩，因此有些扁桃腺比較大的人容易在扁桃腺隱窩內卡入食物殘渣，口內細菌在食物殘渣內滋生腐敗，菌落繁殖斑塊堵塞隱窩出口,壓迫隱窩內腔形成一個外層包覆脫落上皮組織皮屑,中間為細菌雜質之扁桃腺結石，進而造成口腔異味及異物感。因此從其開始之成因而言, 扁桃腺結石的診斷似乎應稱為扁桃腺隱窩異物更為貼切。雖然絕大多數的人因為石頭太小、症狀不明顯，但仍然不能輕忽，它可能會造成口腔內反覆的惡臭、喉嚨痛、異物感、味覺異常、喉嚨瘙癢咳嗽、耳痛甚至吞嚥障礙。
診斷上，除了靠有經驗的專科醫師視診檢查，因為有的石頭會藏在口咽部的皺摺內或較深部，也可以透過影像學的檢查，不過X光僅能診斷不到10%的結石，即便是CT（電腦斷層）的診斷率也不到兩成，多數結石的位置與大小（<5mm）是造成診斷率低於三成的主要原因。
但扁桃腺結石幾乎不會直接造成扁桃腺發炎，而引起劇烈的喉嚨痛或發燒，所以臨床上很少用抗生素或手術來治療扁桃腺結石。因此，必須注意日常生活的保健，要「常喝水，以保持口腔濕潤」與「多漱口，以加強口腔衛生」。
扁桃腺結石剛被清除後, 扁桃腺隱窩由於之前長期被結石撐大撐鬆了，很容易再卡進食物殘渣，造成復發；因此在扁桃腺結石清除後一段時間仍應密集回診，由專科醫師隨時檢查並立即去除扁桃腺隱窩內新生成之結石,保養一陣子後, 由於扁桃腺隱窩不再繼續受到較大結石的撐大擠壓，隱窩可望漸漸回復原來較緊密狀況，食物殘渣也就更不容易卡入滋生細菌，從而帶動減少結石復發的良性循環，如此絕大多數病例是無需切除扁桃腺就可痊癒的。