1908年諾貝爾獎得主俄羅斯科學家梅契尼可夫，百餘年前研究人體消化道的各種微生物的變化與健康的關聯，最後語出驚人下了一個結論：「人類衰老的原因是由有害的細菌在腸道滋長所造成的」，他並發現保加利亞農民的長壽是因為經常食用一種富含乳酸菌的「酸奶」。這個發現後來啟發日本科學家代田稔開始研究細菌和腸道健康的關係，發明了全球暢銷幾十年的「養樂多」。近年來益生菌成為最流行的健康食品，也可以追溯梅契尼可夫當年研究的貢獻。
據目前估計，人體胃腸道約有1200餘種細菌、酵母和其他微生物，這些腸道菌群的數量約有100兆之多。現代醫學也證實“壞”的細菌在腸道過度生長會破壞原有的微生物平衡導致生態失調，並會產生內毒素、阿摩尼亞、硫化氫、苯酚、吲哚等有害物質，造成黏膜傷害與增加肝臟排毒負擔，黏膜結構一旦出現疏漏又可能導致食物抗原引起免疫反應，腸菌不平衡最終會導致各式各樣的疾病。例如常見一些慢性退化疾病、皮膚過敏、偏頭痛、腸躁症、甲狀腺疾病、紅斑性狼瘡、類風濕性關節炎、慢性疲勞、憂鬱症、食物過敏、痤瘡等，病源都被高度懷疑與腸道菌相失衡有關。近來乳癌與攝護腺癌患者愈來愈多，已知與雌激素異常代謝有關，而導致荷爾蒙異常代謝的元兇也發現腸道壞菌之過度生長有關。
近年來液相層析質譜儀的技術非常進步，腸道細菌生態失調經過代謝所產生的酸性產物可在特殊實驗室從尿液檢測而窺見一班，醫生藉此能夠評估腸道微生物過度生長的狀況。例如：尿液中D-阿拉伯糖醇過高實，可能表示是腸道念珠菌的滋生而致免疫受損﹔過多的D-乳酸意味著碳水化合物吸收不良及腸道的嗜酸乳桿菌的過度生長﹔當尿液出現偏高的馬尿酸、苯甲酸、苯乙酸、苯丙酸、對羥基苯甲酸、對羥基苯乙酸、二羥基苯丙酸、吲哚靛甙或丙三羧酸等時，代表腸道內有變形桿菌、大腸桿菌、梭狀芽孢桿菌、梨形鞭毛蟲或其他有害厭氧菌的生長。有害物質乃經由微生物的發酵產生，決定於飲食的內容與腸菌的種類，因此醫生在檢測後的判讀需要參考病人的飲食型態。
一旦腸道細菌生態失調診斷確立，醫生可以幫病患進行「整腸」治療，依照檢驗報告上不同壞菌類別及不同嚴重等級，可能會處方不同抗生素或抗黴菌藥物，並要求改變日常飲食習慣，例如幾個月禁止某些養壞菌食物的攝取，或者增加攝取因腸道失衡而導致缺乏的一些營養素。另外，醫師可能會建議病人「養好菌」，口服補充益生菌及搭配養菌所需的寡糖或纖維質一段時間。通常半年至一年左右，如果隨著腸道菌相改善，原來一些慢性難治的病症也跟著改善，代表這些疾病其實是與腸道壞菌生長有關的。 另外，值得附帶一提的是尿液中可分析的有機酸約四十餘種，除了前述這些協助醫生評估腸道微生物過度生長的檢驗項目以外，臨床上尿液有機酸檢測也有助於瞭解體內脂肪酸、碳水化合物與胺基酸的代謝利用情形、評估細胞能量生成的粒線體功能狀況、維生素B群是否缺乏、神經傳導物質是否平衡及體內是否有過多的環境毒素的暴露造成氧化壓力的增加或解毒功能的負擔等。醫生可據以精確的建議個人化營養治療方案，避免浮濫服用目前充斥於市